Ende des 16. Jahrhunderts versuchte Philipp II., die Bedeutung der Stadt wiederherzustellen. Er gab den Bau der königlichen Stallungen in Auftrag, und das Brückentor wurde ihm zu Ehren errichtet. Diese kurze Erholung wurde jedoch von der bourbonischen Herrschaft gestoppt, die für den allgemeinen Niedergang der Stadt verantwortlich war. Dies tat dem Bau hochwertiger und prunkvoller Barockbauten jedoch keinen Abbruch.
Zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurde Córdoba von den Franzosen belagert. Die napoleonischen Truppen stießen auf heftigen Widerstand. Trotzdem sollten die während dieser Jahre französischer Herrschaft durchgeführten Stadterneuerungsprojekte in der Zukunft prägend sein. Jahre später verschärften die Carlistenkriege die wirtschaftliche Lage der Stadt zusätzlich.
