Im Juni 1236 erreichten die Truppen Ferdinands III., des Heiligen, die Stadttore. Die Einnahme erfolgte rasch; das christliche Heer zog am 26. desselben Monats ein. Daraufhin begann die christliche Wiederbesiedlung Cordobas, die sich vor allem auf die muslimischen Vororte, insbesondere das Viertel Ajerquía, konzentrierte. Unter Ferdinand III. wurden 14 Kirchen geplant: sieben in der Medina (der heutigen Villa) und sieben in Ajerquía. Diese wurden zu Ehren des Königs Fernandinerkirchen genannt.
Das 14. Jahrhundert brachte schwere Jahre für die Bevölkerung Cordobas. Zwischen 1366 und 1369 tobte ein Bürgerkrieg zwischen den Anhängern Peters I., des Grausamen, und denen seines unehelichen Bruders Heinrich von Trastámara. 1349 wurde Córdoba von der Pest heimgesucht, einer Tragödie, die sich fünfzehn Jahre später wiederholen sollte. Die immense Zahl der Todesopfer, die Nahrungsmittelknappheit und der Geldmangel stürzten die Stadt in eine tiefe wirtschaftliche und soziale Krise.
Ein Jahrhundert später, als die Truppen der Katholischen Könige in Cordoba konzentriert waren, um dem Königreich Granada den Todesstoß zu versetzen, keimte ein Hoffnungsschimmer für die Erholung der Stadt auf. Christoph Kolumbus wurde hier empfangen, um sein Projekt einer Reise nach Indien vorzustellen. Nachdem die letzte muslimische Festung eingenommen war, ordneten Isabella und Ferdinand die Vertreibung der jüdischen Bevölkerung aus allen christlichen Gebieten an, was der ohnehin schon geschwächten Wirtschaft Cordobas den endgültigen Schlag versetzte.
