Nach der christlichen Eroberung Cordobas durch Ferdinand III., genannt der Heilige Ferdinand, im Jahr 1236, behielt die jüdische Gemeinde der Stadt einen Teil ihres früheren Einflusses. Dieser König erließ eine Charta, die Christen, Muslimen und Juden die Gleichbehandlung zusicherte. Das Zusammenleben von Juden und Christen verlief friedlich bis zum Ende des 13. Jahrhunderts, als es sich aufgrund der Verbreitung antijüdischer Propaganda und der Radikalisierung christlicher Geistlicher zu verschlechtern begann. Infolge der Predigten des Erzdiakons von Sevilla, Ferrán Martínez, wurde das jüdische Viertel Córdobas 1391 schwer angegriffen, was viele zur Konversion zum Christentum zwang. Die Inquisition, die unter der Herrschaft der Katholischen Könige Ende des 15. Jahrhunderts gegründet worden war, verfolgte jüdische Konvertiten, die im Verdacht standen, ihre Riten im Verborgenen auszuüben, unerbittlich mit dem Ziel, die Grundlagen für einen starken, zentralisierten Staat zu schaffen, der frei von Minderheiten und Andersdenkenden sein sollte. Im Jahr 1473 wurde die Stadt Córdoba Zeuge der Verfolgung jüdischer Konvertiten, die im Verdacht standen, in ihrem Privatleben das Judentum zu praktizieren.
Wie bereits in anderen europäischen Königreichen wie England erließen die Katholischen Könige 1492 ein Dekret zur Vertreibung der Juden und gaben ihnen vier Monate Zeit, das Land zu verlassen, falls sie sich weigerten, zum Christentum zu konvertieren. Nach dem Vertreibungsdekret verließen die Sephardim die Iberische Halbinsel. Ihre Häuser und öffentlichen Gebäude, ihre Grabsteine ??und religiösen Gegenstände wurden zerstört oder für ganz andere Zwecke verwendet, was es sehr schwierig macht, die Überreste jüdischer Kultur auf spanischem Boden zu finden und zu erkennen. Da die Juden keinen eigenen, unverwechselbaren Architekturstil besaßen, wird der muslimische Einfluss oft mit der jüdischen Präsenz in al-Andalus verwechselt oder gar fälschlicherweise als solche identifiziert.