Felipe II, a finales del siglo xvi, trata de restablecer la importancia de esta ciudad. Manda construir las Caballerizas Reales y en su honor se construye la Puerta del Puente. Sin embargo, esta efímera recuperación se ve frenada por la administración borbónica, responsable de la total decadencia que se vive, aunque este hecho no merma las construcciones de edificios barrocos, de gran calidad y riqueza.
A principios del siglo XIX Córdoba sufre el asedio de la ocupación francesa. Fiera fue la lucha y constante la oposición que encontraron los ejércitos napoleónicos. Pese a ello, la renovación urbanística que se proyecta en estos años de gobierno francés será predominante en el futuro. Las disputas carlistas, años más tarde, empobrecen aún más la economía de la localidad.
